《农业基本建设项目管理办法》及其与之配套的《农业基本建设项目申报审批管理规定》、《农业基本建设项目招标投标管理规定》、《农业基本建设项目竣工验收管理规定》、《农业建设项目监督检查规定》已经2004年6月14日农业部第22次常务会议审议通过，现已发布，于9月1日起正式施行。

《农业基本建设项目管理办法》共6章44条，是农业项目建设和管理的一个基础性、纲领性规章，适用于农业部管理的基本建设投资及其项目的申请、安排、实施和监督管理。

该办法规定，农业部主要负责项目归口管理，包括制定农业基本建设投资计划，审批基本建设项目，管理基本建设项目的基建财务、招标投标、工程监理、竣工验收及监督检查工作。省级农业行政主管部门主要负责项目实施管理，包括项目的规划布局、前期工作、组织实施、落实配套资金、监督检查等。各级农业行政主管部门负责人对本辖区农业建设项目的实施负领导责任，项目建设单位的法定代表人对项目申报、实施、质量、资金管理及建成后的运行等负总责，项目勘察设计、施工、监理等单位法定代表人按照各自职责对所承建项目的工程质量负终身责任。

对于建设项目期限，《农业基本建设项目管理办法》规定，建设单位必须在项目纳入农业部年度投资计划并下达第一次项目投资计划后的6个月内开工，因故不能按期开工的，必须向农业部发展计划司申请延期开工，延期以两次为限，每次不超过3个月。农业部第一次下达项目投资计划后，既不开工又不申请延期，或者因故不能按期开工超过6个月的，农业部将暂停下达项目投资计划，责令限期整改；整改达不到要求的，撤销建设项目，收回已下达的投资。

对于初步设计审批权限，《农业基本建设项目管理办法》和《农业基本建设项目申报审批规定》规定，中央投资600万元（含600万元）以上的地方和直供垦区承担项目的初步设计，由农业部行业司局负责审批；中央投资600万元以下的项目，由农业部授权省级人民政府农业行政主管部门评估和审批，批复文件抄报农业部备案；农业部直属单位基本建设项目的方案设计、初步设计与概算由农业部发展计划司负责审批。

对于项目立项决策程序，《农业基本建设项目申报审批管理规定》规定，年度项目投资指南、年度农业基本建设投资计划总体方案、中央投资600万元以上的单个项目、需国家发改委审定同意的重要的集成类项目，由发展计划司提交部常务会议审定，并由主管部长审批。

对于建设项目发生重大变更，《农业基本建设项目申报审批规定》规定，应重新报批可行性研究报告。重大变更主要包括变更建设地点，变更建设性质，变更建设单位，变更建设内容、建设标准、建设规模导致项目主要使用（服务）功能发生变化的，初步设计概算的总投资超过立项批复总投资10%以上（含10%）的，或者实施过程中投资变动超过批准的项目总投资10%以上（含10%）的。

对于建设项目招标投标工作，《农业基本建设项目招标投标管理办法》从以下三个方面做了详细的规定，一是招标投标程序和部门职责分工；二是招标的规定，包括招标标准、招标组织形式、招标方式、招标条件、招标文件要求等；三是投标、开标、评标、中标的程序和方法。

对于竣工验收管理权限，《农业基本建设项目竣工验收管理办法》规定，中央投资3000万元以上的地方及农业部直供垦区承担的项目，中央投资1000万元以上的农业部直属单位承担的行业基本建设项目和中央投资200万元以上的农业部直属单位承担的本单位基础设施建设项目，由农业部发展计划司牵头组织竣工验收；中央投资3000万元以下、600万元以上的地方及农业部直供垦区承担的项目，中央投资1000万元以下、200万元以上的农业部直属单位承担的行业基本建设项目由各行业司局牵头组织竣工验收。

按照《农业建设项目监督检查办法》规定，项目监督检查费用不能从项目中列支，对于项目监督检查中发现的违纪、违规处罚问题，农业部将根据情节轻重采取责令限期整改、通报批评、暂停拨款、暂停项目建设、撤销项目、收回项目资金、暂停安排所在地和项目单位新建项目。